A különböző szőrtelenítési megoldásoknak egyaránt van előnyük és hátrányuk is. Az egyik legújabb, és hosszan tartó hatásának köszönhetően egyre népszerűbb lézeres szőrtelenítés esetén is figyelembe kell venni néhány hátrányt, mellékhatást is.
A hátrányok közül, ami először az emberek eszébe szokott jutni, az természetesen a lézeres szőrtelenítő kezelések ára. Ez ugyan nem mellékhatás vagy veszély, de sokak számára nagyon fontos döntési szempont.
Ami viszont már mellékhatás, az pedig az égési sérülések előfordulásának esélye. A lézeres szőrtelenítéshez használt lézer energiát juttat a szőrszálakba, melyek gyakorlatilag elégnek. A szőrszálakba juttatott energiából azonban a bőr is kaphat, aminek enyhébb égési sérülés lehet a vége. Emiatt a bőrre a kezelések időszakában a napfény is negatív hatással van, így sokan a hidegebb hónapokra időzítik a szőrtelenítő kezeléseket.
Az égési sérüléseknél kevésbé káros mellékhatások is jelentkezhetnek lézeres szőrtelenítés után. Ilyenek pl. a bőr kipirosodása vagy a viszketés. Ezek általában szerencsére néhány nap alatt maguktól elmúlnak. Hasonló a helyzet azzal, hogy a kezelt területen a bőr érzékenyebb lehet, sőt, akár fájdalmas érzés is tapasztalható, ezek általában szintén néhány nap alatt beavatkozás nélkül elmúlnak.
A kezelések során a szemek védelmére nagyon fontos odafigyelni. Emiatt speciális sötétítő szemüvegeket kell viselni a lézeres szőrtelenítő kezelések alatt mind a pácienseknek, mind a szakembereknek.